Prépublications : une arme scientifique à double tranchant

Les prépublications ont ouvert la voie à un partage plus rapide de la science, gratuitement et ouvert à tous… Avec des travers : diffusion de fausses informations ou d’études peu rigoureuses et un manque de transparence et d’avertissement sur la nature préliminaire et non vérifié de ces travaux.

L’explosion des prépublications avec le Covid-19

La crise sanitaire exceptionnelle de Covid-19 aura été l’occasion de faire connaître et exploser une forme très particulière du partage de l’information scientifique : les prépublications ou preprint en anglais.

Ces prépublications sont ni plus ni moins que des études scientifiques, généralement disponibles sous format PDF dans des plateformes en ligne (bioRxiv, medRxiv, SSNR, Research Square, etc.), qui ne sont pas encore formellement passées par les étapes classiques de publication des journaux.

Les prépublications ne sont pas une nouveauté, loin de là. Les physiciens furent les premiers à créer leur serveur de prépublications en 1991, nommé arXiv, en mathématiques, physiques, biologie quantique, etc.

Ce partage de l’information scientifique apporte des avantages indéniables, surtout pour les chercheurs à l’origine des travaux et la communauté scientifique, mais n’a jusqu’à présent jamais vraiment été la norme en biologie et médecine.

Ce n’est réellement qu’avec la pandémie de Covid-19 que de nouvelles plateformes médicales ont littéralement explosé pour devenir les championnes en quantité de prépublications acceptées.

La plateforme medRxiv crée courant 2019 se place aujourd’hui en première position, toutes catégories confondues, s’accaparant 26 % des prépublications totales. La plateforme SSRN (Social Science Research Network), généraliste, occupe la seconde place du podium avec près de 13 % des prépublications mises en ligne.

La troisième plateforme médicale en termes de nombre de prépublications est bioRxiv, créée en 2013 et qui regroupe près de 8 % de la totalité des soumissions dans ce type de plateforme.

On doit désormais argumenter dans le débat public et scientifique avec ce « nouvel » outil qui peut se voir comme un glaive romain à double tranchant. Un outil avec des avantages incontestables et des risques tout aussi importants, pour lesquels nous avons suffisamment de recul pour en discuter.

Si vous souhaitez en savoir plus sur cette forme de publication désormais incontournable aujourd’hui, avec des études de cas de dérives, vous êtes au bon endroit.

Comprendre une étude scientifique.

Si vous voyez souvent passer des articles de la presse disant “une étude dit que…” sans vraiment savoir ce que sont ces études. Voici un article pour découvrir les entrailles, pas si mystérieuses que ça, des fameuses études scientifiques.

Les avantages des prépublications

Temps de publication imbattable

La plateforme n°1 dans le domaine médical, medRxiv, promet des temps de publication de l’ordre de 3 à 5 jours pour être en ligne.

Ce délai de prépublication est à mettre en perspective avec la durée normale pour être publié dans un journal : 3 mois en moyenne (pouvant aller de 2 semaines à 4 ans) en fonction des domaines, du journal et de la qualité de l’investigation.

La publication des résultats de certains essais cliniques sur le cancer peut mettre 2 à 3 ans avant d’être accessible. Le gain de temps est tout simplement incomparable par rapport aux voies officielles.

Partage très rapide des connaissances

C’est la conséquence directe du temps très court de mise en ligne : le partage des connaissances est incroyablement accéléré, permettant une communication pratiquement en temps réel entre scientifiques du monde entier.

Cet avantage a montré tout son intérêt dans la crise sanitaire du Covid-19, avec des prépublications très importantes et de bonnes qualités dont l’accès devait être le plus rapide possible, pour permettre d’améliorer la prise en charge des malades, ou la connaissance du virus. Ce fut tout particulièrement le cas pour la description en quasi-temps réel du taux de reproduction du virus, le fameux R0, calculé grâce à des études et des prépublications.

Dans ce contexte, des délais de publication de 6 mois à 2 ans peuvent avoir des conséquences importantes. Toutefois, les journaux ont globalement énormément accéléré la vitesse de publication pendant la crise.

Paternité des résultats

La date de publication des résultats fait généralement foi dans le domaine. Autrement dit, si le temps de relecture de votre article scientifique prend du temps, trop de temps, une autre équipe de recherche peut publier avant vous des résultats similaires.

Les plateformes de prépublications permettent ainsi de publier très rapidement des résultats avec un identifiant durable et standard (les DOI) qui permet d’asseoir la primauté d’une découverte, même en l’absence de publication en bonne et due forme.

Ouvert aux critiques

C’est tout le principe des prépublications : elles évitent, du moins dans un premier temps, le passage obligé à la relecture par les pairs généralement faite par 1 ou 3 chercheurs pour se faire observer, analyser et critiquer par un grand nombre de personnalités.

Les prépublications les plus populaires peuvent être submergées de commentaires et d’analyses en tout genre, avec pour objectif d’améliorer le manuscrit et limiter les retours négatifs des éditeurs des journaux scientifiques.

Revers de la médaille : les critiques peuvent être salées si le travail n’est pas suffisamment sérieux ou demande d’importantes corrections. Il faut être prêt a accepter le regard de nombreux experts – et non-experts – et de défendre son travail.

Meilleure visibilité

Les prépublications pourraient améliorer la citation des études finalement publiées dans des journaux scientifiques. Des travaux montrent que le rôle marqué des réseaux sociaux dans le partage et la popularisation de ces travaux préliminaires.

Il en découlerait une meilleure visibilité et plus de citations de l’article publié, ce qui est plus que recherché par les scientifiques, puisque directement responsables de l’amélioration de l’index de recherche.

Accès gratuit

Un avantage extrêmement important dans cette bataille de l’accès à l’information scientifique. Les publications dans les journaux scientifiques sont généralement inaccessibles et payantes. Cela fait partie du jeu plutôt pervers de l’édition scientifique et du blocage de l’accès au savoir académique.

Peu de journaux optent pour des accès gratuits (open accès en anglais comme la revue PloS One). De ce fait, les plateformes de prépublications permettent à tout le monde de pouvoir accéder à des recherches habituellement inaccessibles derrière paywall.

Les risques des prépublications

Pas relecture par les pairs

C’est bien sûr la caractéristique principale des prépublications : le travail n’a pas franchi les étapes officielles de publication et de relecture par les pairs.

La relecture par les pairs est une sorte de garant de la qualité de l’étude. Mais cette relecture par les pairs n’est pas une garantie absolue contre la fraude scientifique et les manipulations vicieuses. Ce travail est effectué bénévolement par les chercheurs eux-mêmes, en nombre réduit (entre une et trois personnes).

La relecture par les pairs permet de filtrer de mauvaises études et d’améliorer considérablement des analyses en les confrontant aux experts du domaine. Mais attention de ne pas ériger cette relecture par les pairs, ou peer review en anglais, comme le Bouclier imparable de l’édition scientifique.

Le scandale de l’édition scientifique et comment lire (presque) tous les articles scientifiques.

L’édition scientifique place les chercheurs au centre d’un système pervers où ils doivent payer les éditeurs pour publier leurs travaux, et payer une seconde fois ces mêmes éditeurs pour les lire.

Ambiguïté sur le statut de prépublication

Un reproche que l’on peut faire aux prépublications et à certaines plateformes (comme SSRN ou JMIR) est l’ambiguïté entre une étude en bonne et due forme et les prépublications.

Car les prépublications ressemblent à s’y méprendre à des études relues par les pairs. Tous les codes sont bien évidemment présents : l’affiliation des auteurs, l’introduction, la présentation de la méthode, des résultats et la conclusion avec les références citées.

Dans ces conditions, il est parfois possible de penser que l’on a une véritable étude entre les mains alors qu’il n’en est rien. Les plateformes de prépublications le savent très bien, et certaines jouent plus la transparence que d’autres.

Fort heureusement, la principale plateforme médicale medRxiv est un modèle de transparence, avec un avertissement clair sur la page d’accueil, sur la page de présentation des prépublications et sur l’article même précisant le caractère préliminaire de ce travail, qui ne doit pas servir à orienter des pratiques cliniques ou être reproduites dans les médias « en tant qu’informations vérifiées ».

Certaines plateformes sont beaucoup plus discrètes, comme Preprints.org qui n’y concède qu’une seule courte phrase : « cette version n’est pas relue par les pairs » sans explication supplémentaire.

Voici un avertissement assez clair que nous avons une prépublication :

De l’autre côté, la plateforme Preprint.org avec un avertissement discret et succinct :

Diffusion de « fake news »

Le gain énorme de popularité des plateformes de prépublications a ouvert une voie royale à la publication de fausses informations ou alors d’études vraiment douteuses.

C’est le revers de la médaille de faciliter le partage d’information aux allures scientifiques : n’importe quelle équipe ou chercheur peut prépublier un travail peu rigoureux pour tenter de faire passer des messages scientifiquement non viables ou incohérents.

On discutera dans le paragraphe suivant.

Luc Montagnier : du Nobel aux controverses

Que faut-il penser des prises de position du professeur Luc Montagnier, prix Nobel de médecine, sur l’homéopathie, la téléportation de l’ADN ou les manipulations génétiques du nouveau coronavirus ? Analysons ensemble ses déclarations.

Diffusion d’information complexe au grand public

Les prépublications peuvent parfois toucher à des sujets très sensibles, notamment les rapports d’efficacité et d’innocuité de médicaments pour des maladies, ce qui concerne directement des malades qui attendent des progrès thérapeutiques ou des réponses.

Cette mise à disposition brute, et sans précaution, de résultats cliniques discutables mais dont les tenants et les aboutissants peuvent échapper à une majorité non-initié peut entraîner des précipitations vers des thérapies mal éprouvées ou des résistances pour des alternatives efficaces.

C’est bien tout le problème de rendre des études complexes accessibles si facilement : il est parfois difficile de comprendre la fiabilité de la méthode et la portée des résultats par rapport au contexte médical et aux précédents travaux.

C’est pour cette raison que les études restent confinées dans le milieu académique où les experts échangent dessus : il y a une technicité indéniable qui peut entraver la bonne compréhension du travail.

L’analyse globale des plateformes dominantes dans la recherche médicale sur le Covid-19 :

Les gros ratés des prépublications

Le tabac protecteur contre le Covid-19

Nous avons eu pendant la crise sanitaire des titres de presse étonnants où le tabagisme serait protecteur contre le Covid-19. Des études auraient montré l’association entre la nicotine et le tabagisme actif et le faible taux d’infection.

Des études reprises par certains groupes et personnalités scientifiques alors que nous avions en réalité affaire à des prépublications douteuses. Une petite étude d’observation pleine de biais et une autre réalisée en sous-marin par un ancien chercheur lié à l’industrie du tabac.

Aucune de ces études ne prenait les précautions nécessaires sur les risques du tabac et sur la faible qualité des données à disposition. Nous n’avons aujourd’hui aucune idée si le tabac est protecteur, et vu les risques sur la santé, le bénéfice semble inexistant.

Il n’empêche que les plateformes de prépublications ont permis le partage massif d’information non vérifiée, discutable qui ne sont pas passés par la case relecture par les pairs.

Le Covid-19 crée à partir du virus du Sida

Une prépublication retentissante a été l’origine de théorie douteuse sur l’origine du nouveau coronavirus SRAS-Cov-2, qui aurait été le résultat d’une manipulation humaine avec le virus du sida.

Des chercheurs indiens ont pu mettre en ligne ce travail qui mentionne quatre séquences du nouveau coronavirus identique à celle du virus du sida, le VIH. L’effet de la publication a été retentissant puisqu’elle a été le terreau d’une série d’articles et de vidéos dénonçant cette manipulation humaine , qui serait à l’origine de la pandémie que nous connaissons.

Une théorie qui a eu un écho énorme dans la communauté des sceptiques et des adeptes de certaines théories du complot, mais pas de la communauté scientifique et des spécialistes en génétique et biologie moléculaire.

Car cette similitude entre les séquences du coronavirus et du sida sont le fruit du hasard. Les séquences sélectionnées par les chercheurs indiens sont si courtes qu’on les retrouve dans des milliers d’autres organismes, et notamment chez les chauves-souris qui sont sans surprise le plus gros réservoir vivant de coronavirus.

Cette prépublication a été rapidement rétractée par les auteurs eux-mêmes après avoir reçu de lourdes critiques. Le problème est donc bien là : ce travail n’aurait jamais pu être publié dans un journal de référence. Voilà un travers évident de ce partage rapide et facile de l’information scientifique.

Oui aux prépublications, mais avec précautions

L’explosion des prépublications est globalement un phénomène intéressant avec des avantages indéniables pour le partage et l’accès aux résultats de la recherche scientifique. Les articles sont publiés sous une semaine, ils sont gratuits avec une relative présence d’avertissement.

Mais ils présentent aussi des risques, notamment de dérive en s’ouvrant aux médias, aux citoyens et à toutes personnes ne disposant pas des outils d’analyses et des connaissances globales pour interpréter au mieux les résultats.

Il en découle la possibilité pour des chercheurs mal intentionnés d’utiliser les plateformes de prépublication pour court-circuiter les journaux scientifiques et la relecture par les pairs afin de partager des idées controversées ou des résultats contestables.

Finalement, comme tout nouvel outil (pas si nouveau que ça finalement), ce dernier doit être mieux encadré pour maîtriser les dérives potentielles et maximiser le potentiel bénéfique de telles plateformes.

Il y a fort à parier que ces plateformes connaîtront une harmonisation des procédures et une réglementation commune pour encadrer ce partage très intéressant de la littérature scientifique.

Des données rassurantes ?

Une équipe française vient de réaliser un travail très intéressant en évaluant les différences des résultats des prépublications et des publications qui ont cette fois passé la relecture par les pairs. 

Ils ont épluché plus de 130 essais cliniques randomisés qui ont été initialement prépublié sur les grandes plateformes de référence. L’idée était de voir si ces études ont été fortement modifié au point de changer des résultats.

Comme par exemple en obtenant un résultat positif lors de la prépublication – qui peut entraîner tout un effet d’aubaine – pour finalement disparaître après publication et révision du manuscrit.

Mais que l’on soit rassuré, et cela rajoute de la force aux prépublications, mais les auteurs ne trouvent pas de différence significative dans la taille des effets entre les deux grands types d’études, sans changement des conclusions (sauf pour une seule étude).

Ils trouvent toutefois que des objectifs sont parfois ajoutés ou supprimés entre la prépublication et la publication officielle. Une manière de faire qui pourrait s’apparenter à des méconduites scientifiques dans le but de supprimer, peut-être, des résultats négatifs ou en rajouter des positifs mais qui n’étaient pas prévu initialement.